Kardinál Michael Czerny je původem je Evropan, formací Severoameričan. Narodil se 18. července 1946 v Brně, v tehdejším Československu. O dva roky později se jeho rodina přestěhovala do Montréalu v Kanadě. Tam také navštěvoval Loyola High School a v roce 1963 po dokončení studií vstoupil do kanadské anglofonní provincie Tovaryšstva Ježíšova. Na kněze byl vysvěcen 9. června 1973. Obhájil doktorát ze sociálních věd na téma vztahu mezi sociálním myšlením a teologií, v rámci interdisciplinárního studijního programu na univerzitě v Chicagu.
O rok později založil v Torontu jezuitské Centrum pro víru a sociální spravedlnost, v jehož čele stál do roku 1989, kdy se po vraždě šesti spolubratří, k níž došlo v noci 16. listopadu na Středoamerické univerzitě v San Salvadoru, nabídl jako jejich nástupce. Ještě předtím strávil několik měsíců v Československu a ve Francii v komunitě Archa, založené Jeanem Vanierem.
Po odchodu do Střední Ameriky působil v letech 1990–1991 jako ředitel Institutu pro lidská práva UCA a v roce 1991 zastával úřad vicerektora univerzity. Svým přínosem se zapsal také v OSN, když se v roli prostředníka účastnil jednání, která vedla k ukončení vleklé občanské války (1980–1992) v El Salvadoru.
Po deset let (do roku 2002) působil jako sekretář v rámci Sekretariátu pro sociální spravedlnost při generální kurii jezuitů v Římě. V roce 1995 se účastnil 34. generální kongregace Tovaryštva založeného sv. Ignácem z Loyoly a byl členem komise OSN pro vyšetřování situace na Haiti v období krize, jež následovalo po vojenském převratu zvoleného prezidenta.
Ze Střední Ameriky odešel otec Czerny do Afriky (2002–2010), kde založil a vedl Africkou jezuitskou síť pomoci podporující africké jezuity zapojené do hledání pomoci na pandemické šíření viru HIV. V tomto období vyučoval na Katolické univerzitě Východní Afriky v Nairobi a spolupracoval s Biskupskou konferencí Keni.
V roce 2009 jej díky obeznámenosti s africkým světem papež Benedikt XVI. jmenoval expertem na zvláštní biskupské synodě pro tento kontinent a v roce 2010 byl definitivně povolán do Říma jako konzultant Papežské rady Iustitia et Pax. Když v roce 2016 došlo ke sdružování papežských rad, byla „Iustitia et pax“ zahrnuta do Úřadu pro integrální lidský rozvoj. Papež František, který si vyhradil přímé vedení sekce zabývající se výslovně otázkou uprchlíků a migrantů, jmenoval otce Czerného svým spolupracovníkem v roli podsekretáře.
V říjnu 2018 se otec Czerny zúčastnil 15. řádného zasedání biskupské synody na téma „Mladí, víra a rozlišování povolání“ a byl jmenován zvláštním sekretářem synodálního zasedání pro Amazonii, které proběhlo ve Vatikánu od 6. do 27. října 2019. Svou roli vnímá jako službu domorodým národům a obraně stále více drancovaného životního prostředí v tomto regionu. Přispěl také do knihy vydané Papežskou komisí pro latinskou Ameriku a nadepsané „Invaze lidových hnutí. „Rerum novarum“ naší doby“.V předvečer kardinálské konzistoře, v pátek 4. října 2019, obdržel v bazilice sv. Petra vkládáním rukou papeže Františka biskupské svěcení spolu s trojicí apoštolských nunciů. Za titulární biskupský stolec mu bylo přiděleno Benevento, se zvláštním osobním arcibiskupským titulem. Jeho kardinálským titulem se stala diakonie sv. Archanděla Michaela v římské čtvrti Pietralata. Do kardinálského znaku zvolil kromě jezuitského emblematu s planoucím sluncem a písmeny IHS také bárku na vlnách s čtveřicí černých siluet.